Malaka adalah salah satu dari tiga titik kunci dengan Goa dan Hormuz, yang memberi Portugis mengendalikan rute perdagangan utama di asia. Setelah melakukan penaklukan, Albuquerque memerintahkan segera untuk membangun benteng di sisi sebelah selatan sungai.
Benteng ini diberi nama A Famosa selesai pada November 1511. Ruy de Brito Patalim diangkat sebagai Kapten Fortaleza de Malaca dan sekitar 500 tentara Portugis ditinggalkan sebagai garnisun.
$ads={1}Tak lama kemudian Albuquerque mulai mempersiapkan kapal-kapal untuk kembali dengan barang rampasan dari malaka. Namun, selama perjalanan kembali ke Goa, kapalnya Flor do Mar tenggelam saat badai dan semua harta karun yang diambil di Malaka hilang.
Beberapa pedagang Florentine mengambil bagian dalam perusahaan Portugis di Asia. Di antara mereka, Giovanni da Empoli hadir di Malaka selama pengepungan dan penaklukan. Dia menceritakan pengalamannya dalam sebuah surat yang menarik untuk ayahnya.
Setelah penaklukan Malaka, kebijakan Portugis di Semenanjung Malaya ialah untuk menjalin aliansi dengan penguasa lokal atau meyakinkan kerajaan-kerajaan yang bersebelahan untuk menerima kekuasaan Portugis. Dari markasnya di Johor, Sultan Malaka yang lama berulang kali menyerang Malaka pada tahun 1517, 1520, 1521 dan 1525.
Akhirnya, pada tahun 1583, sebuah perjanjian damai pun ditandatanganinya. Malaka berulang kali dikepung pada tahun 1550, 1567, 1571. Musuh utama portugis adalah Johor dan Aceh di Sumatera. Di Malaka Albuquerque mendirikan pemerintahan baru, mencetak mata uang baru dan membangun kapel kayu di dekat benteng.
Berdampingan dengan benteng, juga sebuah gereja batu yang didedikasikan untuk Nossa Senhora da Anunciada didirikan pada tahun 1521 dan kemudian untuk Nossa Senhora da Assumpção. Pada tanggal 4 Februari 1558 gereja ini ditahbiskan sebagai Katedral. Casados Portugis, kebanyakan pengrajin, pedagang atau petani, menetap di Malaka.
Pada tahun 1532 Confraria da Misericórdia didirikan sebuah rumah sakit kayu yang indah untuk orang miskin,selain rumah sakit juga dibangun gereja guna untuk memulai sebuah sekolah. Pekerjaan misionaris mulai aktif pada tahun 1545 dengan kedatangan St. Francisco Xavier.
Pada tahun 1552 dibentuk Câmara Dewan Kota Malaka. Pada tahun 1602-1603 Belanda memblokade Malaka melalui laut, tetapi ini hanya upaya pertama yang malu-malu. Pada tahun 1606 Johor dan Belanda membuat aliansi untuk melawan Portugis dan pada tahun 1607 mereka mengatur kembali kota di bawah pengepungan.
Bala bantuan dari Goa menggagalkan upaya tersebut. Eredia memperkirakan bahwa populasi Kristen di Malaka sekitar 7.400 pada tahun 1613. Ada delapan paroki di kota itu. Pada tahun 1629 Aceh melakukan upaya besar baru, tetapi kali ini lagi-lagi Portugis menang.
Belanda melakukan beberapa upaya yang sia-sia antara tahun 1623 dan 1627 dan pada tahun 1633 sebuah blokade didirikan. Pengepungan terakhir Malaka Portugis dimulai pada Juni 1640 ketika armada gabungan Belanda Johor yang terdiri dari 1.500 orang Belanda, 1.500 orang Melayu, 12 kapal Belanda, 6 sekoci dan 40 kapal Johor terlihat dari pelabuhan Malaka.
Pengepungan itu sangat keras dan hampir 1.500 orang Belanda kehilangan nyawa mereka. Setelah lima bulan pengepungan, para pembela Portugis tidak memiliki bubuk mesiu dan sangat kekurangan makanan. Meski sempat kesulitan di bawah komando Dom Manuel de Sousa Coutinho yang sedang sakit, mereka mampu bertahan dari pengepungan.
Pada saat serangan Belanda pada bulan Juni 1640, ada sekitar 50 tentara Portugis, lebih dari 300 Casados Portugis dengan keluarga mereka dan 2.000 atau 3.000 mestiço dan penduduk asli di Malaka. pada tanggal 14 Januari 1641 komandan Belanda Willemsoon Kartekoe memerintahkan serangan terakhir yang putus asa.
Para pemain bertahan Portugal melakukan perlawanan akhir yang sengit di Fortaleza Velha dan Belanda akhirnya berhasil dihalau kembali. Dalam keputusasaan, komandan Belanda menawarkan syarat penyerahan diri yang terhormat kepada Portugis.
Komandan Portugis yang berani dan sekarat menerima persyaratan yang murah hati itu. Sekarat dua hari kemudian ia dimakamkan oleh Belanda dengan penghormatan militer di gereja São Domingo. Kota Malaka dengan demikian berada di tangan Portugis dari 24 Agustus 1511 sampai 14 Januari 1641.
Komandan Belanda Willemsoon Kartekoe memerintahkan serangan terakhir yang putus asa. Para pemain bertahan Portugal melakukan perlawanan akhir yang sengit di Fortaleza Velha dan Belanda akhirnya berhasil dihalau kembali.
$ads={2}Dalam keputusasaan, komandan Belanda menawarkan syarat penyerahan diri yang terhormat kepada Portugis. Komandan Portugis yang berani menerima persyaratan yang murah hati itu. Sekarat dua hari kemudian ia dimakamkan oleh Belanda dengan penghormatan militer di gereja São Domingo.
Kota Malaka dengan demikian berada ditangan Portugis dari 24 Agustus 1511 sampai 14 Januari 1641. Keturunan Portugis Malaka berbicara bahasa Portugis Kreol Papia Kristang hingga hari ini. Mereka adalah orang Kristen dan memiliki nama keluarga Portugis. Komunitas Eurasia memiliki 12.000 anggota di Semenanjung Malaya.